尽管当下的餐厨垃圾处理设备已经具备了一定 的发展规模，也有了相当长的发展期限，然而，该行业发展中存在的问题同样不可忽视，以下主要针对餐厨垃圾处理设备中存在的问题和不足之处作了详细的分析。 

  小型的餐厨垃圾处理设备尽管在占地面积，规格上都相对比较小，操作起来也比较方便。但是，小型餐厨垃圾处理设备在工作时能够处理的餐厨垃圾数量有限，而且在进行垃圾处理时所产生的附加值也相对比较低。在对餐厨垃圾进行分解转化的过程中，小型的餐厨垃圾设备也无法充分、全面地将餐厨垃圾尽数处理。除此以外，小型的餐厨垃圾在进行垃圾处理的过程中，餐厨垃圾微生物处理菌种研究针对性不强。

  由于中国区域性比较强，地方饮食文化、生活习惯存在较大差异，因此餐厨垃圾在性质及组成上会有所不同，这对餐厨垃圾的微生物处理具有一定影响。另外，小型的餐厨垃圾处理设备在对垃圾处理的过程中也不能够实现油渍和污水的有效分离，导致餐厨垃圾的处理工作也不够全面。 大型的餐厨垃圾处理流水线设备同样存在着一些细节上的问题，尽管在加工工艺、加工技术和加工完善度上大型的处理设备比小型的餐厨垃圾处理设备有着更大的优势，但是，大型的餐厨垃圾处理设备建设的规模相对比较大，在占地面积上相当庞大，在操作手段上也比较复杂；另外，大型的餐厨垃圾处理设备因为操作工艺的复杂性，所需要进行的餐厨垃圾处理时间也比较长，一般在进行垃圾处理时需要较长的加工时间，这也影响了餐厨垃圾处理工作的效率。

  除此以外，大型的餐厨垃圾处理设备因为建设的复杂性，所需要的建设成本也比较大，而且在当下土地规模日渐趋紧的局势下，大规模的建设餐厨垃圾处理设施也变得相对比较困难。