从目前餐厨垃圾处理的应用情况看，无论是大型餐厨垃圾生产线还是小型餐厨垃圾处理设备都存在一定的问题。 大型餐厨垃圾处理生产线对餐厨垃圾等有机废弃物可进行彻底的无害化处理，资源循环再利用效果好，但大型餐厨垃圾处理设备生产线存在以下问题：
  1.从收集到处理时间较长，由于是集中处理，首先需要对分散在各个餐饮点的餐厨垃圾进行回收，然后再统一进行处理，增加了运输成本，因为餐厨垃圾中水分含量高，运输过程中易造成泄漏、遗撒，造成环境污染，餐厨垃圾在运输过程中会滋生大量的有害病菌，分泌出的毒素（如黄曲霉素）很难通过微生物的方法再处理掉，只有经过高温蒸煮和烘干工艺实现，增加了设备运行成本。
  2.集中处理需要的量较大，如果餐厨垃圾原料不够，将导致处理生产线无法运行，生产线处理200T和处理20T餐厨垃圾需要开机的时间和运行成本相差无几，但产出悬殊，开机次数越多，亏损越大，近些年一些地方政府建设的大型生产线因为餐厨垃圾处理量不足导致无法正常运行而停产的例子比比皆是。
  3.大型餐厨垃圾处理设备型生产线还存在设备造价高，占地面积大，处理周期长，维修费和处理费用高等问题。
  2.2小型餐厨垃圾处理设备存在的问题
  虽然小型餐厨垃圾处理设备相对于大型餐厨垃圾生产线，占地面积小，设备运行费用和能耗降低，运输时间和成本减少，但是在目前使用过程中仍然存在一些问题。
  （1）餐厨垃圾很难实现完全彻底的处理，由于小学餐厨垃圾处理设备减少了设备的体积，一些大型生产线包括的处理系统就必须相应低进行精简，所以小型餐厨垃圾处理设备降解方法单一，对于成分复杂的餐厨垃圾无法针对性地进行处理，同时设备能所容纳的餐厨垃圾量减少，投入的餐厨垃圾必须及时排出，可能会再次垃圾腐熟度不够，需要在后期做进一步处理。
  （2）餐厨垃圾处理设备集成化程度不够，占地面积不够小，虽然小型餐厨垃圾处理设备的占地体积相对于大型生产线明显减小，但是相对于其他家用电器的体积仍然显得庞大，而且这是建立在大型生产线处理系统精简的基础上，对餐厨垃圾的处理效果也造成了一定的影响。
  （3）餐厨垃圾微生物处理菌种研究针对性不强，由于我国区域性比较强，地方饮食文化，生活习惯存在较大差异，因此餐厨垃圾性质及组成上会有所不同，这对餐厨垃圾的微生物处理具有一定影响，而小型餐厨垃圾处理设备对投入的餐厨垃圾不再进行分拣，在进行简单预处理后，主要是通过高效的微生物菌剂对餐厨垃圾混合物进行发酵降解。目前仍然没有开发出一种高效的、广泛适用于任何成分的餐厨垃圾处理菌剂。
  （4）油水分离装置得不偿失。对于废油脂的回收，一般油脂回收设备在处理量达50-200T以上才能产生效益，较合适大规模的集中处理厂应用，而现阶段，在小型餐厨垃圾处理设备上安装餐厨垃圾油水分离机是件得不偿失的事，这也是我国小型餐厨垃圾处理设备普遍存在的问题。