虽然小型餐厨垃圾处理设备占地面积减小,运行费用和能耗降低，运输时间和成本减少，但是在目前使用过程中小型餐厨垃圾处理设备仍然存在一些问题。
  1.餐厨垃圾很难实现完全彻底的处理。 由于小型餐厨垃圾处理设备减少了设备的体积，一些大型生产线包括的处理系统就必须相应地进行精简，所以小型餐厨垃圾处理设备降解方法单一，对于成分复杂的餐厨垃圾无法针对性地进行处理。 同时设备所能容纳的餐厨垃圾量减少，投入的餐厨垃圾必须及时排出，可能会造成垃圾腐熟度不够，需要在后期做进一步处理。
  2.设备集成化程度不够，占地面积不够小. 虽然小型餐厨垃圾处理设备的占地体积相对于大型生产线明显减小，但是相对于其他家用电器的体积仍然显得庞大，而且这是建立在大型生产线处理系统精简的基础上，对餐厨垃圾的处理效果也造成了一定的影响。
  3.餐厨垃圾微生物处理菌种研究针对性不强。由于我国区域性比较强，地方饮食文化、生活习惯存在较大差异，因此餐厨垃圾在性质及组成上会有所不同，这对餐厨垃圾的微生物处理具有一定影响。而小型餐厨垃圾处理设备对投入的餐厨垃圾不再进行分拣，在进行简单预处理后，主要是通过高效的微生物菌剂对餐厨垃圾混合物进行发酵降解。目前仍然没有开发出一种高效的、广泛适用于任何成分的餐厨垃圾处理菌剂。
  4.油水分离装置得不偿失。 对于废油脂的回收，一般油脂回收设备在处理量达 50 ～ 200 t 以上才能产生效益，较适合大规模的集中处理厂应用，而现阶段，在小型处理设备上安装油水分离装置是件得不偿失的事，这也是我国小型餐厨垃圾处理设备普遍存在的问题。
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